از جمله وظایف سازمان سپرده‌گذاری مرکزی میتوان به موارد زیر اشاره کرد:

1.افتتاح و نگهداری حساب وجوه بازارهای بورس‌ اوراق بهادار و فرابورس

۲. ثبت (درج و کدگذاری) و نگهداری اوراق بهادار

۳. تسویه پایاپای معاملات اوراق بهادار

۴. سپرده‌گذاری و امانت‌پذیری انواع اوراق بهادار

۵. سپرده نمودن اوراق بهادار وثیقه شده نزد هر شخص حقیقی یا حقوقی ذی‌نفع

۶. واسطه هرگونه مبادله اوراق بهادار

۷. تهیه و ارائه گزارش‌های مورد نیاز کارگزاران و مشتریان

۸. انجام اقدامات شرکتی برای شرکت‌های سهامی عام متقاضی استفاده از خدمات از جمله:

الف. ثبت و نگهداری اسامی و سوابق مالکین اوراق بهادار و ارائه کلیه خدمات مرتبط با آن به ناشرین اوراق بهادار.

‌ب. انجام امور مربوط به تقسیم سود و ایجاد تسهیلات لازم جهت توزیع آن.

‌ج. انجام امور مربوط به افزایش سرمایه (دریافت اطلاعات مربوط به حق تقدم خرید سهام و انتشار و ارسال آن به سهامداران)

‌د. انجام کلیه امور مربوط به برگزاری مجامع شرکت‌های پذیرفته شده در بورس و فرا بورس

۹. ایجاد و اداره صندوق تضمین تسویه